Auf dem A-Locus gibt es beim Border Collie die Allele A^Y, a^W und a^t.
Trägt der Hund auf dem A-Locus mindestens ein A^Y-Allel (bei einem reinerbigen k^y-Locus) ist der Hund immer Zobelfarben. Ist er reinerbig Zobelfarben (A^Y-A^Y) spricht man auch von einem Clear-Sable. Ist er jedoch mischerbig (A^Y-a^W oder A^Y-a^t) spricht man von einem Shaded-Sable. Bei einem Clear-Sable wird merh Phäomelanin eingelagert als bei einem Shaded-Sable, sodass meist wirklich nur die Haarspitzen die Eumelaninfarbe annehmen. Ein Shaded-Sabel hat deutlich mehr Eumelanin im Fell.

	Ein reinerbig zobelfarbener Border Collie (Clear-Sable) Gencode: bb/kyky/dd/AYAY/mm/E- Offizielle Bezeichnung: Braunzobel / Braun-Zobel-Weiß / Chocolate-Sable / Chocolate-Sable-White
	Ein mischerbig zobelfarbener Border Collie (Shaded-Sable) Gencode: bb/kyky/dd/AYaW/mm/E- oder bb/kyky/dd/AYat/mm/E- Offizielle Bezeichnung: Braunzobel / Braun-Zobel-Weiß / Chocolate-Sable / Chocolate-Sable-White

Eigentlich sollte Wolf-/Wildsable dominat über das dritte Allel (Tan) sein. Es gibt jedoch gengetestete (a^Wa^t) Border Collies die trotz vorhandenem a^W-Allel  nicht (wild)zobelfarben sind sondern Tricolor. Daher erscheint es möglich das es noch ein weiteres Allel auf dem A-Locus geben muss, welches bislang nicht identifiziert wurde und bei einem Gentest als a^W Ausgegeben wird. Ein "richtiges" a^W-Allel verursacht in reinerbiger Form einen wildzobelfarbenen Hund dessen Phäomelanin jedoch nicht gelb-rötlich erscheint sondern vielmehr blassgräulich. In mischerbiger Form kommt es zu sogenannten Shaded-Wolf-Sable Hunden die man sich als "blassgezeichnete tricolorfarbene" Hunde vorstellen kann.

	Ein reinerbig wildzobelfarbener Border Collie Gencode: bb/kyky/dd/aWaW/mm/E- Offizielle Bezeichnung: Brown-Wildsable / Brown-Wildsable-White
	Ein mischerbig wildzobelfarbener Border Collie bb/kyky/dd/aWat/mm/E- Offizielle Bezeichnung: Brown-Shaded-Wolf-Sable / Brown-Shaded-Wolf-Sable-White

Die letzte Variante ist somit der reinerbig Tan-farbene (a^ta^t) Border Collie. Ein Tanpointed Hund zeigt somit an hierfür typischen Stellen (an den Wangen, über dem Auge, der Schulter, den Ellbogen, den Beinen, den Hosen und unter der Rute) im Fell das gelb-rötliche Phäomelanin.

Ein reinerbig tricolor/tanpointed Border Collie Gencode: bb/kyky/D-/atat/mm/E-   Offizielle Bezeichnung: Brown/Chocolate and Tan / Chocolate-Tri

Pigmentierung der Nase und der Augenlieder

Ein brauner Hund hat immer eine braune Nase und braune Lieder.

Augenfarben
Im Standard steht die Augenfarbe sollte möglichst dunkel sein, jedoch passend zur Fellfarbe. Blaue Augen sind unerwünscht, kommen jedoch vor. In einigen Verbänden erhalten Hunde mit einem oder auch zwei blauen Augen daher keine Zuchtzulassung.

Verschiedene Augenfarben bei brauner Pigmentierung. Bei braunen Hunden sind die Augen oft eher geblich bis grün.